Sandıklı - Denizli arası yol yenileme çalışmalarının tamamlanmasından sonra 19 Ocak 2014 tarihinde ilk seferine başlayan Pamukkale Ekspresi önceki yıllarda olduğu gibi gece Denizli'den hareket edecek şekilde sefere konulmuştu.
Ancak trenin Eskişehir'de YHT aktarmalı olarak İstanbul'da gittiğini ve hızlı trenin Pendik'te kaldığını öğrenen Denizlililer trene ilgi göstermemiş bu nedenle trenin Denizli'den hareketi 1 Nisan 2015 tarihinde sabah saat 07:10 olarak değiştirilmişti.
Seyahat süresinin uzun olması üzerine TCDD trenin istasyonlar arası parkurlarında değişikliğe gitmiş ve Denizli'den hareket saati 07:30 olarak değiştirilmişti.
Hızlı tren bağlantıları nedeniyle son olarak Denizli'den hareket saati 08:00 olarak değiştirilen Betxlarge Pamukkale Ekspresinin saatinin Afyonkarahisar - Sandıklı arasında yapılacak olan yol yenileme çalışmaları nedeniyle 15:40 alındığı öğrenildi.
18 Temmuz 2016 tarihinden itibaren 31 Mayıs 2017 tarihine kadar 10 ay süre ile Denizli'den 15:40 kalkacak olan Pamukkale ekspresi Eskişehir'e 23:40 varacak. Yine Eskişehir'den 15:40 hareket edecek olan Pamukkale Ekspresi Denizli'ye 23:39 varacak.
Konu ile ilgili olarak görüştüğümüz demiryolu çalışanları yol yenileme çalışmaları nedeniyle yenilenecek olan hat kesimine konulacak tekayyüdatlardan (hız kısıtlaması) dolayı trenin tehirli olarak Denizli'ye gelebileceğini ifade etti.
18 ay gibi bir sürede trenin hareket saatinin 5 kez değiştirilmesi Denizlililer tarafından tepki ile karşılandı.
Denizli'de toplu ulaşım araçlarının 23:45'de son seferlerini yaptığını ifade eden vatandaşlar "o saatte trenden inince nasıl eve gideceğiz" dedi.
İŞTE PAMUKKALE ESKPRESİNİN YENİ HAREKET SAATLERİ
Denizli - Eskişehir Sefer Saati
| Denizli | 15.40 |
| Dinar | 17:49 |
| Sandıklı | 18.47 |
| Afyon | 20.11 |
| Kütahya | 22.11 |
| Eskişehir | 23.40 |
Eskişehir - Denizli Sefer Saati
| Eskişehir | 15.40 |
| Kütahya | 17.15 |
| Afyon | 19.06 |
| Sandıklı | 20.27 |
| Dinar | 21.27 |
| Denizli | 23.39 |